De laatvlieger is een van de meest wijd verspreide vleermuissoorten in Nederland. Toch gaat het niet goed met de soort en staat ze als ‘kwetsbaar’ vermeld op de Rode Lijst. Een waarschijnlijke oorzaak van de afname is het verlies aan geschikte verblijfplaatsen. Net als van veel andere vleermuissoorten bevinden zomerverblijfplaatsen zich voornamelijk in gebouwen. Hier verblijven laatvliegers bijvoorbeeld op zolders van kerken en in dakconstructies, maar open spouwmuren zijn favoriet. Verblijfplaatsen in spouwmuren zijn kwetsbaar, want in het kader van de energietransitie worden ze geïsoleerd, waardoor verblijfplaatsen in rap tempo verloren gaan.